Bagian Administrasi Akademik (BAA) adalah unsur pembantu pimpinan di bidang administrasi akademik yang mempunyai tugas memberikan pelayanan teknis dan administratif bidang akademik dan perpustakaan di lingkungan STIKES A. Yani Yogyakarta.

Tugas Bagian Administrasi Akademik (BAA) meliputi:

1. Membantu pimpinan menyusun program kerja tahunan bidang akademik dan perpustakaan.
2. Melaksanakan dan mengkoordinasikan urusan surat menyurat dan operasional bidang akademik yang meliputi registrasi mahasiswa dan operasional pendidikan, memonitor perencanaan, akreditasi, nilai dan ijazah, serta pengumpulan dan pengolahan data.
3. Menyiapkan bahan penyusunan rencana dan anggaran semesteran dan tahunan.
4. Menghimpun dan mengklasifikasikan data/informasi tentang kurikulum, silabus, mata kuliah untuk tiap jurusan dan program studi.
5. Mengolah dan mengurus penyelesaian nilai mahasiswa dan transkrip nilai mahasiswa berkoordinasi dengan Ka. Prodi.
6. Merencanakan penggunaan sarana dan prasarana akademik.
7. Melayani dan mengolah data yang berhubungan dengan pendaftaran ulang mahasiswa angkatan baru dan angkatan lama serta mahasiswa kelas reguler karyawan.
8. Menghimpun dan mengolah data beban kerja dosen per semester.
9. Bekerja sama dengan bagian kepegawaian dan umum dalam melengkapi, menghimpun, dan mengolah bio data dosen dan sarana pendidikan.
10. Mempersiapkan bahan/data/informasi evaluasi pendidikan dan kemajuan studi mahasiswa di lingkungan Program Studi.
11. Mengurus penyelesaian Ijazah mahasiswa.
12. Menghimpun, mempelajari, menelaah, dan menyebarluaskan peraturan perundang-undangan yang berhubungan dengan bidang akademik kepada pihak terkait.
13. Melayani urusan administrasi akademik yang berhubungan dengan alumni STIKES A. Yani Yogyakarta.
14. Menghimpun usulan kebutuhan unit perpustakaan.
15. Membantu atau mengurus pelaksanaan kegiatan seminar, lokakarya, penataran dan pertemuan ilmiah bidang akademik yang diselenggarakan ditingkat Program Studi.
16. Bertanggungjawab dan melaksanakan administrasi pendidikan dan pengajaran.
17. Bertanggungjawab dan melaksanakan urusan administrasi akademik.
18. Bersama Program Studi membantu pimpinan untuk memuat dan menyusun laporan pelaksanaan program kerja bidang akademik termasuk laporan EPSBED.
19. Merencanakan, melaksanakan dan mengendalikan pelaksanaan kurikulum.
20. Menyiapkan data untuk penyusunan anggaran tahunan pengembangan akademik dan sarana prasarana penunjang akademik.
21. Melakukan koordinasi dengan prodi dalam pengaturan waktu ujian semester.